60年的耕耘，东北地理所取得了累累的科研硕果。创建了我国湿地学科理论体系，揭示我国湿地形成与发育规律、土壤关键过程与生态功能，研发退化沼泽近自然综合恢复关键技术、湿地植被快速恢复技术和湿地苇-蟹/鱼-稻复合生态模式。阐明了黑土演化过程与驱动机制，揭示了黑土退化特征和肥力调控机理，研发了黑土地肥沃耕层构建关键技术、作物高光效新型种植模式、侵蚀黑土综合防治技术、合作研发了“梨树模式”等黑土保护与利用关键核心技术，支撑“黑土粮仓”科技会战。首次克隆了控制大豆开花期的最大位点基因E1以及控制大豆长青春期性状的经典基因J，在国际上率先建立大豆分子设计育种理论体系和最大容量的大豆突变体库;研发和创新集成松嫩-三江平原中低产田治理关键技术、苏打盐碱地顶级植被快速恢复技术和大规模以稻治碱改土增粮技术、作物高光效新型种植模式;育成东北优势作物大豆、水稻和玉米32个新品种，其中多个品种被列为国家主推品种，“东生”系列10个大豆品种已全部获得市场转化，品种转让资金超过2000万元;农业科技成果推广面积累计达2.4亿亩。研制机载三频段微波辐射计，奠定了我国卫星微波遥感器研究和应用基础;建设东北地区时空分辨率最高的资源环境信息库;主持编制吉林省、黑龙江省主体功能区划。建所以来，发表SCI论文3000余篇，其中Ⅰ区和Ⅱ区SCI论文1000篇;部分成果发表在Nature、Science、Nature Genetics、PNAS、Plant Cell、Global Change Biology、the Pineal Research等国际顶级期刊;湿地领域发表SCI论文数量居国内首位及全球前列;黑土领域发表SCI论文数量居国际前列。获得国家授权专利523项，软件著作权登记证书228项。共获得科技奖励230项，其中，国家科技进步一等奖2项(第一完成单位1项)，第一完成单位获得国家科技进步二等奖3项、省部级一等奖22项。
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