在创新三期进行组织结构调整，建立湿地生态与环境、区域农业、地理遥感信息和东北区域发展等四个研究中心（重点实验室）。其中，湿地生态与环境重点实验室设四个专业实验室和一个野外台站；区域农业研究中心设两个专业实验室和两个野外台站；地理遥感信息中心设一个专业实验室和一个野外台站。

    研究所平台与支撑体系能力建设方面：完善湿地生态与环境重点实验室装备建设，进入院级重点实验室序列；着力加强“黑土生态重点实验室”（黑龙江省）、吉林省生态恢复与生态系统管理重点实验室（科技部）的基础研究能力建设；配套三江沼泽湿地生态试验站和海伦农业生态实验站两个国家级野外站的观测系统，积极促进国际合作和交流；继续加强院级野外开放实验站——长春净月潭遥感实验站的地物高光谱测试和应用试验研究；参照院ＣＥＲＮ站标准开展大安碱地生态实验站野外监测和数据获取；初步构建东北区域地理环境与农业生态过程动态变化监测体系。

    联合研究机构建设方面：巩固与发展中国科学院湿地研究中心；怀俄罗斯科学院太平洋地理研究所、日本地球环境综合国立研究所、朝鲜国家科学院地理研究所、韩国大学地理第等共建东北亚地理研究中心。