学术期刊中心包括《地理科学》编辑部、《中国地理科学（英文版）》（Chinese Geographical Science）编辑部、《湿地科学》编辑部、《土壤与作物》编辑部，是研究所学术期刊出版工作与文献、情报服务工作的支撑部门，负责《地理科学》、《中国地理科学（英文版）》（Chinese Geographical Science）、《湿地科学》、《土壤与作物》四种期刊的编辑、出版、发行等，负责图书、期刊以及电子资源的组织实施及文献情报服务。