2009年12月29日，我所“黑土区农业生态重点实验室”通过中国科学院组织的评估、论证，被正式批准为中国科学院重点实验室。 

　　该重点实验室是在集成我所哈区30年黑土科研积淀和长春所区农业科技资源，共享海伦国家黑土农业生态试验站、德惠黑土研究基地、大安碱地生态试验站等研究平台，整合“黑土生态实验室、作物生理生态实验室和黑龙江省黑土生态重点实验室”的基础上成功申请的。 

　　该实验室将以土壤生态学和农业生态学为学科基点，瞄准国际前沿和国家战略需求，立足我国东北黑土核心区，围绕黑土质量演变与驱动机制、作物生产力与生理生态机理、农田生态系统过程与结构优化开展基础性、前瞻性、战略性创新研究，这对于保障国家粮食安全和生态安全目标、提升农业生态学研究水平和促进研究所学科建设均具有十分积极的重要意义。 

　　这也是我所继2008年获得首个院级重点实验室“湿地生态与环境重点实验室”之后，连续晋升的第二个院级重点实验室，它标志着我所以“重点实验室”为核心的科研平台建设跃上新台阶。